Vì lực lượng lớn, nhiều sứ mạng phức tạp cũng như sự hiện diện khắp trên thế giới nên Hải quân Hoa Kỳ đòi hỏi một số lượng lớn các cơ sở vật chất hải quân để hỗ trợ các hoạt động của mình. Mặc dù đa số các căn cứ nằm ở Hoa Kỳ nhưng Hải quân Hoa Kỳ cũng có nhiều cơ sở vật chất ở hải ngoại, có cả tại những lãnh thổ mà Hoa Kỳ đang kiểm soát và tại các quốc gia khác theo các thỏa ước được ký kết.

Đông Hoa Kỳ

Nơi tập trung nhiều nhất các cơ sở căn cứ của hải quân là ở Hampton Roads, Virginia. Tại đây hải quân sử dụng khoảng trên 146 km² (36.000 mẫu Anh) đất, gồm có Căn cứ Hải quân Norfolk là cảng nhà của Hạm đội Đại Tây Dương, Căn cứ Không lực Hải quân Oceana, Căn cứ Hành quân Đổ bộ Hải quân Little Creek là căn cứ của lực lượng đổ bộ hải quân, cũng như một số các xưởng đóng sửa chữa tàu thương mại và tàu hải quân để phục vụ các tàu của Hải quân Hoa Kỳ. Tiểu bang Florida là nơi có ba căn cứ hải quân lớn: Căn cứ Hải quân Mayport là căn cứ lớn thứ tư của hải quân nằm gần Jacksonville, Florida, Căn cứ Không lực Hải quân Jacksonville là căn cứ chiến tranh chống tàu ngầm, và Căn cứ Không lực Hải quân Pensacola là nơi có Bộ tư lệnh Đào tạo và Giáo dục Hải quân và có Trung tâm Huấn luyện Kỹ thuật Không lực Hải quân mà cung cấp huấn luyện đặc biệt cho các binh sĩ chuyên ngành về hàng không và cũng là căn cứ huấn luyện bay chính yếu cho Hải quân và Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ. Các căn cứ tàu ngầm chính của Hải quân Hoa Kỳ trên bờ phía đông Hoa Kỳ được đặt tại Groton, Connecticut và Kings Bay, Georgia. Cũng có các căn cứ hải quân tại Portsmouth, New Hampshire và Brunswick, Maine.[32] Căn cứ Hải quân Great Lakes ở phía bắc Chicago, tiểu bang Illinois là nơi có trại huấn luyện các binh sĩ tân binh của Hải quân Hoa Kỳ.

Tây Hoa Kỳ và Hawaii

Khu căn cứ phức hợp lớn nhất của Hải quân Hoa Kỳ là Căn cứ Vũ khí Không lực Hải quân China Lake tại tiểu bang California chiếm khoảng một diện tích 4500 km²) đất hay tương đương khoảng 1/3 toàn bộ đất sở hữu của Hải quân Hoa Kỳ.[32]

Căn cứ Hải quân San Diego, California là khu căn cứ chính của Hạm đội Thái Bình Dương (mặc dù tổng hành dinh của hạm đội được đặt tại Trân Châu Cảng). Căn cứ Không lực Hải quân North Island nằm ở phía bắc Coronado và là nơi có tổng hành dinh của Các lực lượng Không lực Hải quân và Không lực Hải quân Thái Bình Dương gồm phần lớn các phi đoàn trực thăng của Hạm đội Thái Bình Dương, và một phần của hạm đội hàng không mẫu hạm bờ Tây Hoa Kỳ. Trung tâm Chiến tranh Đặc biệt Hải quân là trung tâm đào tạo chính cho các lực lượng SEAL (lực lượng biệt kích hải quân hành quân bằng cả đường không, thủy và bộ) và cũng nằm tại Coronado. Khu vực có nhiều căn cứ hải quân khác trên duyên hải phía Tây Hoa Kỳ là Puget Sound, tiểu bang Washington. Trong số đó có Căn cứ Hải quân Everett là một trong số ít căn cứ mới và Hải quân Hoa Kỳ cho rằng cơ sở và phương tiện của nó là hiện đại nhất.[33] Căn cứ Không lực Hải quân Fallon ở tiểu bang Nevada phục vụ với vai trò như bãi tập chính cho các phi công cường kích Hải quân Hoa Kỳ và đây cũng là nơi có Trung tâm Chiến tranh Không lực Cường kích Hải quân. Các căn cứ không lực dành cho đủ các chủng loại phi cơ (master jet base) cũng có ở California như Căn cứ Không lực Hải quân Lemoore và ở tiểu bang Washington như Căn cứ Không lực Hải quân Whidbey Island trong khi đó các hoạt động thử nghiệm bay và các loại phi cơ có hệ thống cảnh báo sớm trên hàng không mẫu hạm được đặt tại Căn cứ Không lực Hải quân Point Mugu, tiểu bang California. Lực lượng hải quân ở Hawaii có trung tâm đặt tại Căn cứ Hải quân Trân Châu Cảng là nơi có tổng hành dinh của Hạm đội Thái Bình Dương và nhiều bộ tư lệnh trực thuộc của hạm đội.[32]

Các lãnh thổ của Hoa Kỳ

Guam, một hải đảo chiến lược nằm trong Tây Thái Bình Dương, có một lực lượng đáng kể Hải quân Hoa Kỳ trong đó có Căn cứ Hải quân Guam. Là lãnh thổ viễn tây nhất của Hoa Kỳ, Guam có một hải cảng nước sâu tự nhiên, có khả năng che chắn cho các hàng không mẫu hạm trong lúc có tình trạng khẩn cấp.[34] Căn cứ không lực hải quân của Guam không còn được sử dụng nữa[35] vào năm 1995 và các hoạt động bay của nó được chuyển sang Căn cứ Không quân Andersen lân cận. Puerto Rico trong vùng biển Caribbe từng là nơi có Căn cứ Hải quân Roosevelt Roads nhưng đã bị đóng vào năm 2004 ngay sau khi khu vực huấn luyện bắn đạn thật bị đóng trên đảo Vieques gần đó.[32]

Tại các quốc gia

Căn cứ hải ngoại lớn nhất là ở Yokosuka, Nhật Bản,[36] nơi đây phục vụ như cảng nhà cho hạm đội triển khai tiền phương lớn nhất của Hải quân Hoa Kỳ và là căn cứ hoạt động của hải quân trong vùng Tây Thái Bình Dương. Vào đầu năm 2013 thì 42 trong số 52 tàu hải quân của Mỹ hoạt động tại vùng Viễn Đông dùng căn cứ Yokosuka, Guam và Singapore.[37]

Các hoạt động hải quân ở châu Âu thì sử dụng các cơ sở tiện ích tại Ý (Căn cứ Hải quân Sigonella và Căn cứ Viễn thông và Điện toán Hải quân Naples, Italy), Căn cứ Hải quân Rota, Tây Ban Nha và Hy Lạp. Naples đóng vai trò là cảng nhà của Đệ thất Hạm đội Hoa Kỳ và Bộ tư lệnh Hải quân châu Âu có căn cứ ở Gaeta. Tại Trung Đông, các cơ sở tiện ích của hải quân đặc biệt nằm gần như trong các quốc gia giáp vịnh Ba Tư. Manama, Bahrain phục vụ với vai trò là tổng hành dinh của Bộ tư lệnh Các lực lượng Hải quân Hoa Kỳ đặc trách miền Trung và Đệ ngũ Hạm đội Hoa Kỳ. Căn cứ Hải quân vịnh Guantanamo ở Cuba là cơ sở hải ngoại xưa nhất và được biết tiếng trong những năm gần đây vì đó là nơi giam giữ các nghi can khủng bố thuộc al-Qaeda.[38]